Phil Green afinou

Gene Myers acabou de dar sua palestra aqui em CHSL falando sobre o seu programa de montagem usado pela Celera e no final houve um certo desapontamento pois Phil Green se absteve de fazer qualquer comentário. O interesse também foi ouvir de Gene a sua confiança nos dados da PacBio que reportam sequências mais longas e assim facilitam o processo de montagem.

  Gene Myers

A briga continua

O sequenciamento do genoma humano, publicado em 2001 pelo Projeto Genoma Humano na Nature e pela Celera Genomics na Science, foi acompanhado por brigas públicas entre membros das duas equipes. Os brasileiros presenciaram uma dessas brigas na Brazilian International Genome (BIG) conference entre Gene Myers (Celera) e Tim Hubbard (PGH) em março de 2001.
Bem, quase 15 anos depois o clima continua pesado entre os membros originais dos dois grupos. Em várias palestras aqui em CSHL houve um jab aqui e outro acolá. Agora há pouco na palestra de Phil Green (pai do programa Phred que avalia a qualidade da chamada dos nucleotídeos em uma sequência) a troca de golpes foi mais intensa. Phil criticou a técnica de whole-genome shotgun (desenvolvida pelo grupo de Craig Venter e usada pela Celera), apesar desta ter prevalecido na genômica. Ele basicamente disse que ela não funciona para genomas complexos e o que houve nos últimos 15 anos foi um relaxamento dos critérios para se considerar um genoma sequenciado.
Gene Myers estava na plateia e obviamente não ficou quieto. Questionou os dados mostrados por Green e o nível de decibéis aumentou consideravelmente. Felizmente, o mediador da sessão, Richard Roberts, conseguiu com algumas piadas interromper e suavizar a situação.
Gene Myers fala daqui a pouco. Mais um round à vista.

   Phil Green

Gilbert versus Sanger

Uma das primeiras palestras ontem aqui no evento em CSHL foi do meu mestre Wally Gilbert que descreveu o desenvolvimento do seu método de sequenciamento (Maxam/Gilbert ou método químico). A discussão que se seguiu foi interessante. Richard Roberts (prêmio Nobel pela descoberta do mecanismo de splicing) comentou sobre o predomínio da tecnologia de Gilbert sobre a de Sanger no final da década de 70 e início da década de 80. A discussão que se seguiu focou em alguns pontos:

1) Wally tornou pública a receita do sequenciamento químico. Ele comentou que distribuiu o protocolo de sequenciamento em uma Gordon Research Conference em 1976, praticamente um ano antes da publicação da metodologia. Roberts chamou isso de "excelente estratégia de marketing". Além disso, Wally abriu o laboratório para quem quisesse aprender a usar o método.

2) O método químico não exigia insumos complexos como enzimas purificadas e nucleotídeos modificados.

3) Foi exatamente a disponibilidade comercial desses insumos que fez o jogo virar e tornou a metodologia de Sanger mais popular.

4) Crucial nessa mudança foi justamente o desenvolvimento dos sequenciadores automáticos. Hoje de manhã, Leroy Hood em sua palestra mencionou que optou por automatizar a metodologia de Sanger, e não a de Gilbert, por ela ser quimicamente mais fácil de ser automatizada. 

Rosalind Franklin e a morte da hélice

Estou nos EUA em um evento no lendário Cold Spring Harbor Laboratory. Nos próximos dias irei
postar sobre algumas das palestras.

O evento começou ontem a noite (quinta) com um palestra de James Watson. Ele deu um breve histórico sobre o seu envolvimento no famoso paper de 1953 sobre a estrutura do DNA. A parte mais curiosa foi quando ele mostrou um slide contendo a imagem abaixo:


Um cartão irônico assinado por Rosalind Franklin (e pelo seu assistente Gosling), enviado a vários colegas, anunciando a morte da hélice do DNA. O cartão é de Julho de 1952, ou seja, quase um ano antes da publicação do famoso paper da Nature de Watson and Crick. Já discutiu-se muito sobre a incapacidade de Franklin em perceber nos seus dados de difração o padrão de hélice. Em sua palestra Watson reforçou a ideia de que a incapacidade de Franklin em estabelecer colaborações no meio científico custou-lhe de certa a glória de desvendar a estrutura do DNA. Ela dominava tecnicamente a técnica de difração mas simplesmente não conseguiu interpretar a famosa foto 51 (abaixo).

A forma como Watson e Crick tiveram acesso à foto 51 ainda é um assunto controverso. Há um excelente documentário na PBS-NOVA sobre o assunto. Estou entre aqueles que acham que ela deveria ter compartilhado o prêmio Nobel com Watson e Crick. Nunca saberemos se ela ganharia ou não dada a sua morte em 1958 devido a um câncer de ovário.

Grande NASA!

Tem horas que dá muito orgulho de ser cientista!
A foto abaixo é de Plutão, a 5 bilhões de quilômetros!
Ontem (14/07/2015), a sonda New Horizons sobrevoou
Plutão depois de uma viagem de 9,5 anos.


 Para mais detalhes, ver a página da NASA, ou então os blogs
de gente  mais gabaritada para falar sobre esse grande momento da ciência:
o blog Mensageiro Sideral e o blog Física na Veia.

Richard Roberts e a bioinformática

O senhor da foto abaixo é o co-descobridor dos introns e do processo de splicing. Richard J. Roberts ganhou o prêmio Nobel de medicina em 1993 (junto com Phillip Sharp) por essa descoberta. A Science de 19 de Junho publicou uma pequena entrevista com ele. Vejam a resposta dele a uma das perguntas:

"Q: What advice would you offer to those planning a career in scientific research?

A: Find an area that you are completely passionate about and focus on it single-mindedly. That doesn't mean you can't change if something more exciting comes along, but you will be happier and more successful if you love what you do. Almost all of biology is at a stage where we know a little, but nothing like as much as we will need to if we want to say we have a good understanding of life. I think bioinformatics is a growth area and absolutely fundamental to future studies of biology. Ultimately, almost everything we need to know about life will come from bioinformatic analysis of DNA sequence. We have to vastly improve our ability to predict function from sequence."

 É uma resposta que estimula algumas reflexões. Primeiro, reforça a importância da bioinformática nos dias atuais. Segundo, há um certo exagero principalmente no " Ultimately, almost...". Eu imagino que Roberts estivesse pensando em um momento onde a disponibilidade das sequências de DNA e a força dos computadores permitisse vários estudos de modelagem e predição. Ainda estamos longe de tal momento. Embora eu concorde que a aplicação da bioinformática tende a crescer de forma dramática nas próximas décadas, sempre haverá espaço para o uso de abordagens complementares, principalmente em relação à manipulação genética. É curioso que ele tenha usado o lema "...predict function from sequence" na última sentença. Esse era uma dos principais objetivos da bioinformática na sua origem mas caiu em desuso nos últimos dez anos, principalmente com o advento dos novos sequenciadores de DNA e a urgência em desenvolver soluções para a grande quantidade de dados gerados.
A entrevista completa pode ser vista aqui.